Powstanie Zony
Po katastrofie w 1986 roku wokół Czarnobylskiej elektrowni atomowej powstała sieć laboratoriów X, w których prowadzono różne nieetyczne eksperymenty, a także pracowano nad nowymi technologiami, takimi jak Emiter Kajmanowa (Mózgozwęglacz) czy Obiekt 62, znany też jako Karabin Gaussa. 10 czerwca 2006 roku, w wyniku nieudanej próby przejęcia kontroli nad Noosferą (otaczającym Ziemię polem, w którym znajdują się ludzkie myśli), powstała w niej dziura, zamieniając okolicę w napromieniowaną, pełną anomalii i mutantów strefę, zwaną potocznie Zoną.Po drugiej katastrofie do Zony zostaje wysłany oddział wojskowych z kapitanem Taczenką na czele w celu zbadania Zony. Operacja kończy się niepowodzeniem – stracono łączność z wysłanymi wojskowymi, a ocaleni tworzą pierwszą frakcję w Zonę, "Powinność". W latach 2007–2008 przeprowadzane są kolejne, często nieudane ekspedycje do Zony, a w kolejnych latach napływa do niej coraz więcej stalkerów.
Czyste Niebo
Najemnik Szrama, eskortujący naukowców na bagnach, zostaje zaskoczony przez potężną emisję. Wszyscy naukowcy giną, a on jako jedyny przeżywa dzięki swojej nietypowej zdolności do przetrwania emisji, które jednak stopniowo uszkadzają jego układ nerwowy. Zostaje odnaleziony przez frakcję Czyste Niebo i dostaje od ich przywódcy, Lebiediewa, zadanie odnalezienia osoby, która dostała się do centrum Zony i która, według niego, jest odpowiedzialna za wielką emisję. Najemnik rozpoczyna śledztwo, w wyniku którego dowiaduje się, że wszystkiemu winna jest grupa Striełoka, który ponownie próbuje dostać się do sarkofagu, wysadzając za sobą tunel prowadzący do elektrowni. Szrama, razem z członkami Czystego Nieba, przedostaje się do elektrowni przez Limańsk i powstrzymuje Striełoka. Jednak po tym dochodzi do emisji, która unicestwia wszystkich członków Czystego Nieba, włącznie ze Szramą.
Cień Czarnobyla
W miejscu wypadku trupiarki zostaje odnaleziony żywy stalker, który po zaniesieniu do handlarza Sidorowicza budzi się, a na jego PDA znajduje się tylko jedno zadanie: "Zabij Striełoka". Naznaczony (tak go nazwano z powodu tatuażu) rusza tropem Striełoka, co prowadzi go do Barmana, który zleca mu odzyskanie dokumentów z laboratoriów X16 i X18. W trakcie tych misji Naznaczony dowiaduje się coraz więcej o Grupie Striełoka. Trop prowadzi do Bagiennego Doktora, który podczas spotkania wyjawia Naznaczonemu, że tak naprawdę to on jest Striełokiem, i wskazuje mu lokalizację skrytki zawierającej dekoder zrobiony przez Kła, członka Grupy Striełoka. Naznaczony wyrusza do elektrowni, wyłączając przy okazji Mózgozwęglacz, co odblokowuje drogę do centrum Zony. Ostatecznie dociera do elektrowni, gdzie dowiaduje się o Świadomości-Z oraz o tym, że był wysłany jako agent Świadomości-Z w celu zabicia samego siebie. W finale Naznaczony niszczy Świadomość-Z.
Zew Prypeci
Po katastrofie wojskowych helikopterów "Ogończ" do Zony zostaje wysłany agent SBU, major Diegtiariow, w celu zbadania przyczyn katastrofy. Po przeanalizowaniu wszystkich wraków helikopterów, Diegtiariow wraz z grupą stalkerów dociera do punktu ewakuacji załogi helikopterów, gdzie spotyka ocalałych z pułkownikiem Kowalskim na czele. W Prypeci major, wraz z wojskowymi, napotyka oddział Monolitu, którego udaje się pokonać. Na miejscu znajdują zepsutą broń, z której najprawdopodobniej zestrzelono helikoptery. Poszukiwania przyczyn katastrofy prowadzą głównego bohatera do laboratorium X8, do którego próbują się także dostać najemnicy. W laboratorium Diegtiariow zdobywa informacje na temat karabinu Gaussa. Ostatecznie do kryjówki wojskowych trafia Striełok, który wyjaśnia, że katastrofa helikopterów miała miejsce z powodu nieaktualnych map anomalii. Striełok oferuje wojskowym informacje o Zonę, a następnie zostaje ewakuowany razem z wojskiem i Diegtiariowem.
S.T.A.L.K.E.R.
